Malta Air fliegt viele europäische Ziele an, wie Frankfurt/Main, Oslo, Wien, Rom oder den Flughafen in Athen. Allerdings werden auch die libyschen Städte Tripolis und Bengasi, Abu Dhabi und die russischen Metropolen St. Petersburg und Moskau angesteuert. Dabei bietet Malta Air mit dem FlyPass einen besonderen Service für Vielflieger. Die gesammelten Meilen können gegen einen kostenlosen Linienflug im Netz der Malta Air eingelöst werden. Darüber hinaus gibt es auch noch die Möglichkeit Sonderangebote in Anspruch zu nehmen, welche von der Airline in regelmäßigen Abständen vorgestellt werden. Des Weiteren gehört auch die Malta Air zur International Air Transport Association (IATA). Die IATA ist eine Vereinigung, welche sich um die Belange des Lufttransportgewerbes kümmert. Die Maschinen des Unternehmens fliegen mit dem IATA-Code R5.