Nach zweijähriger Kooperation mit der Allianz SkyTeam, wechselte Copa Airlines 2009 gemeinsam mit Aktieninhaber Continental Airlines zur Luftfahrtallianz Star Alliance, zu der renommierte Airlines wie die Lufthansa und Singapore Airlines gehören. Ähnlich wie die us-amerikanischen Fluggesellschaften United und Continental Airlines betreibt Copa Airlines das Vielfliegerprogramm MileagePlus. Reisenden, die besonders viel fliegen, können die Meilen ihrer angetretenen Flüge auf einem Konto sammeln und daraufhin für kostenlose Flüge eintauschen. Der besondere Vorteil für die Personen besteht hier in der Vielzahl an teilnehmenden Fluggesellschaften. Dies vereinfacht das Sammeln der Meilen und garantiert dem Kunden ein schnelles Erreichen der nötigen Meilen-Anzahl.