Den Flugbetrieb nahm die Fluglinie 2002 mit einem einzigen Flugzeug des Typs Embraer 120 auf. Seitdem steuerte SkyEurope 30 Ziele in 17 Staaten an. Neben der Inlandsroute Bratislava-Košice konnten Passagiere der Fluggesellschaft ebenfalls nach Wien, Prag, Budapest und Warschau fliegen. Weiterhin wurden von SkyEurope auch Ziele in Deutschland, der Schweiz und im Mittelmeerraum angeflogen. Die Heimatbasis der Airline befand sich am Airport Bratislava. 2007 zählte die österreichisch-slowakische Fluglinie ein Passagieraufkommen von mehr als 3 Millionen Personen. Im Gegensatz zu anderen Airlines war SkyEurope kein Mitglied einer Luftfahrtallianz und bot kein Vielfliegerprogramm an. Fluggäste konnten lediglich im Rahmen des Bordprogramms SkyEruope Delights, Essen und alkoholfreie Getränke kaufen. Zum Service der Airline SkyEurope gehörte zudem ein eigener Shuttleservice, welcher die Fluggäste von Wien zum Flughafen Bratislava brachte.